슬라이드 스캐너 파일 Crop & Export (tif)

2021. 9. 1. 21:46컴퓨터

이번에 제가 병리사진을 이용한 연구를 할 일이 있어서 슬라이드 스캐너로 스캔된 파일을 분석해야했는데요, .svs, .mrxs, .svslide등 슬라이드만을 위한 포맷을 사용하고 있어서 적잖이 당황했습니다.

제가 정확히 공부하지는 않았지만 병리 슬라이드에서 특별히 저장하는 다양한 정보(예를 들어 다양한 배율의 사진)를 담기 위함일텐데요, 그냥 단순히TIF, PNG, JPG등 일반적으로 사용가능한 포맷으로 변환하는 작업 자체도 쉽지 않게 느껴졌습니다.

제 경우에는 스캐너 회사에서 윈도우즈에서만 돌아가는 viewer를 제공하는 바람에 맥기반인 제가 매우 난감했는데요, 그래서 OpenSlide라는 라이브러리를 이용하여 간단히 mouse drag으로 필요한 부분만 cropping하고 원하는 포맷으로 export해주는 스크립트를 제작했습니다.

사실 그냥 개인적으로 쓰고 버리려고 하다가, 혹시라도 누구에게 도움이 되실까 싶어서 코드 정리해서 DevDoctors에 프로젝트로 올려봤습니다.

DevDoctors에서 혹시 병리사진 분석하시는 고수님들계시면 서로 노하우 공유했으면 좋겠습니다!

https://github.com/devdoctors/python-slide-crop

DevDoctors: https://bit.ly/devdoctors

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